小智和皮卡丘等一行伙伴在旅途中前行某日，宝可梦波尔凯尼恩从天而降并被迫与小智锁在了一起。波尔凯尼恩与被人类伤害过的宝可梦们共同生活，因此非常讨厌人类，但这条神奇的锁链却让他们无法分开，奇妙的故事就此开始。小智与皮卡丘又将一起开始新的冒险……另一方面，在超级机关城市阿佐特王国，大臣贾维斯得到了常年追求的终极发明——500年前诞生于阿佐特王国的人造宝可梦玛机雅娜。据说在玛机雅娜体内，有被称为“魂心”的未知力量，贪婪又邪恶的贾维斯企图利用这股力量来统治王国。小智和波尔凯尼恩将会如何化解彼此的嫌隙？波尔凯尼恩与玛机雅娜又有着怎样的渊源？他们要如何共同对抗贾维斯拯救阿佐特王国？玛机雅娜的最终命运又将如何结局？一场精灵宝可梦史上最伟大的战役即将展开！
《精灵宝可梦：波尔凯尼恩与机巧的玛机雅娜》故事主线意义深远，动漫围绕暖暖的温情为核心，整体充满了励志正能量的感动，配音是这部动画电影成功的关键，影片的设计相当真实。画风温暖唯美，角色设计手法独特，剧情看起来完全不幼稚或者沉闷，特效独树一帜，是一部使思想性和艺术性得到充分展示的动画片。
