简青和简阳是没有血缘关系的姐妹，简阳随母嫁给简青的父亲来到省城简青让简阳到自己创办的装修公司，简阳放弃学业。刑警队副队长韩江追捕杀人在逃犯马衡山，在搏斗中马衡山死于非命。根据线索，韩江认定马衡山是追杀洪志明的蒙面杀手。韩江发现洪志明和简青关系非同一般，简青的丈夫齐敬林又是洪志明的好友。正当韩江的工作有了新的进展时，简阳被牵扯进来。而简阳恰是韩江一见钟情的恋人。洪志明得知雇马衡山杀自己的真凶是齐敬林的朋友孙万冬，他愤而杀了孙万冬，接着在韩江面前饮弹自尽。韩江渐渐缕清思绪，原来今天的案件都是过去仇恨的延续，简青的父亲在齐敬林心中种下了仇恨的种子，一切的不幸由此开始。
《深度秘密》是一部讲述了恶水之源爆炸因果未明，津门事变，悬案再起，再次聚首，探寻连环大案背后真相的故事，本剧是一段在现实与虚幻中交错的悬疑爱情，该剧最大看点不在于破解诡计，而是以深刻的寓意和批判意识取胜，剧集案件再升级，整体线索是完全勾连和贯穿的，处处设有伏笔，让人在喜剧和正剧之间不断地跳跃。
