故事讲述的是一群疯狂的科学家，为了自己的梦想，研制出一套只需要少许基因便可复制出宝可梦的机器，并把发掘到的世界最强宝可梦复制成了拥有比梦幻更强能力的超梦。但当超梦醒来后，却因无法找寻到真正的自我而暴走。火箭队的老大在超梦的面前出现，用花言巧语把迷失自我的超梦拉拢过来为自己办事，但没过多少时间，超梦再次对自我感到迷茫。超梦回到那个复制它的岛屿，决定开始它的复仇之战。

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但是尽管有许多优秀的变化，仍然有不尽如人意的改变，比如删除了大量的宝可梦，比如片头梦幻偷看时，树梢跑过的火爆猴；野炊前的挑战中皮卡丘对阵的宝可梦也做了替换；

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在那里，我们会有永远亲密无间的皮卡丘，会有永远抓不完的151只宝可梦。当放下一天疲惫的时候，无意中看到停在柜中落灰的GB的时候，你会莞尔一笑，你会精神百倍，你会激动万分，你终会想起，你的梦想啊：我是要成为宝可梦大师！

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为了探寻自己的意义，在孤岛的城堡中等待训练师的挑战，终究在战斗中领悟到了生命存在的意义。

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没有看过前作的观众也不必担心看不懂本片，开篇就给大家介绍了背景：一群科学家利用了传说中的神奇宝贝梦幻，它的基因创造出了超梦，拥有强大力量的它被坏人利用，但因为质疑自己的价值与身份逃走。