游城十代在前往决斗学院实技测验的途中，偶遇了传说中的决斗者武藤游戏，并从他手中获得一张幸运卡“天使小精灵”与此同时，一个名为七星的神秘团体出现了，它的目的是夺取被封印在决斗学院地底遗迹中拥有毁灭世界力量的三幻魔。游城十代及大德寺老师等人被选为遗迹的守护者，与七星展开了黑暗决斗。后来众人意外发现大德寺老师也是七星的成员之一，十代打败大德寺老师，彻底挫败了七星的阴谋，并得到贤者之石的卡片。三幻魔事件结束后，原来的伙伴们相继离开决斗学院，一众新生入学。游城十代受到“光之波动”的影响，无法进行卡牌决斗。之后，游城十代遇到了来自新空间的使者，找回了对决斗的热忱与兴致。不久后，前往童实野町毕业旅行的十代一行人，被强迫接受斋王美寿知的考验，并得知了“光之波动”的真相。回到决斗学院后，鲛岛校长宣布新世代大赛开幕。这场原本只是让学生和职业决斗者交流，进而提升决斗能力的活动，却意外成了关系到地球存亡的事件。在最后的对决中，十代向斋王挑战，成功打败被“破灭之光”操控的斋王，拯救了世界。
《游戏王新世代上》是部设定相当疯狂的动画片，观众可从中观察到弱肉强食的社会也可看到独立成长的重要性。《游戏王新世代上》完美的诠释了人该如何面对自我，营造的光影之梦是如此的卓尔不凡，这部动画是导演最为出色的佳作。故事简单但打动人心，传递着一种温暖的情感，《游戏王新世代上》有着对爱的探讨，童稚之爱的原则是：“因为我爱，所以我爱。”成熟之爱的原则是：“因为我爱，所以我被爱”。侧面反映出了现代人对单纯、美好事物的渴求。
