为了纪念《新世纪福音战士》从企画开始到2003年满10周年，由庵野秀明 总指挥、角川书店、SEGA、BANDAI等共同组成参与的全新企画制作 突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇源堂叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇源堂所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人造人型生物与使徒战斗。从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。
《新世纪福音战士2003重置版》是部反映多主题的动画片，观众可从中观察到现实的真实生活也可看到独立成长的重要性。《新世纪福音战士2003重置版》完美的诠释了人该如何面对自我，营造一个光怪陆离的世界，这部动画是导演最出色的佳作。故事简单而深刻，传递着满满正能量的情感，《新世纪福音战士2003重置版》有着对爱的探讨，童稚之爱的原则是：“因为我爱，所以我爱。”成熟之爱的原则是：“因为我爱，所以我被爱”。侧面反映出了勇敢的品质会得到奇异世界的尊重。
