男主角卜部征人被自己的爸爸捧为新兴宗教「神地崇教」的接班人，在献祭仪式中意外转生到异世界。征人原以为终于不会有人因为被笑信奉邪教而疏远他，但这个国家饱受皇家爆政所苦，不忍好友被无故赐死的征人默默祈祷，拥有超强神力的「御灵」马上前来搭救他，而这个御灵竟然就是神地崇教的真神 「御灵」……

《无神世界中的神明活动》是部设定相当疯狂的动画片，观众可从中观察到对贪婪自私的讽刺也可看到独立成长的重要性。《无神世界中的神明活动》完美的诠释了一个美丽的童话，也是一个现实的童话，营造的光影之梦是如此的卓尔不凡，这部动画是导演最完美的佳作。故事简单而抽象，传递着满满正能量的情感，《无神世界中的神明活动》有着对爱的探讨，爱作为一种情感，本身很难有一个精确的定义，主角从一开始的冷漠、自私、怯懦，逐渐变成了一个懂爱的女孩，她忍耐、恩慈、包容，这些都是爱所包含的元素。侧面反映出了现代人对单纯、美好事物的渴求。