梅雨墨当上了皇帝，但大清并没有因此富强，列强对大清的倾吞之心越发强烈，所以年轻的皇帝，举办了一场万狮朝圣的盛典彰显国力，向各国列强摊派但没想到在盛典上爆发奇怪的瘟疫。经查核瘟疫之源竟是阳城县。皇帝担心曾经的红颜白雪晴出事，也想查清瘟疫根源，再次化名梅雨墨出宫查案。命运弄人，白雪晴也为了查清瘟疫之事来到了京城，两人就在这瘟疫乱世中再次相遇。还结识了日本来的也说要查自己失踪爷爷的小女孩。秦三川和老仇人佟安再次相见，仇恨的火花四起，得到名份得不到爱情的娜仁托亚与六贝勒的纠葛，多角恋的旧情新案，这背后是一件件离奇的案件，一段段警示的恋情，而真相有些他们料到，有些万万没想到......
《大清神捕第2季》台词语言在被艺术加工与锤炼以后采用了多种修辞和技巧，不仅简洁凝练、富有哲理，而且具有很强的吸引力，人物塑造独出心裁，这部作品100分还未足以显示这部剧的过人之处，它是最富娱乐性的出色作品，表演不禁让人拍手称赞，故事趣味横生，是一部节奏适宜的电视剧，动作场面丰富而不只是打打闹闹
