自从机关城崩塌，墨家抵抗势力几乎被全部清除秦帝国又回到太平盛世的迷梦中……咸阳宫中的嬴政一边动用无数劳工营造万里长城，一边进行着一些更为精密的计划。现在这个计划已经接近完成，由阴阳家协助完成的巨艇“蜃楼”已经建造完毕。它壮丽精绝的身姿浮现海平面彼端，宛如人人梦想中的海上仙山。为了解开巨艇“蜃楼”的疑团，各家各派势力慢慢汇聚到这座平静的海边小城。此时，故事主角天明和少羽为了避开秦兵追捕，正在儒家庄园学习和生活。而接下来各种奇异事件在此地发生，小城的平静也被完全打破。所有的生死仇，家国恨，都将在那个时刻凝结。所有人的目光，都将在那个地点汇聚！芸芸众生不过是一块块城砖，用来铸造帝国的万里长城。
《秦时明月4万里长城》是部反映多主题的动画片，观众可从中观察到对贪婪自私的讽刺也可看到对真善美的传递和描述。《秦时明月4万里长城》完美的诠释了一个心灵的成长史，营造一个光怪陆离的世界，这部动画是导演最为出色的佳作。故事简单而抽象，传递着一种温暖的情感，《秦时明月4万里长城》有着对爱的探讨，童稚之爱的原则是：“因为我爱，所以我爱。”成熟之爱的原则是：“因为我爱，所以我被爱”。侧面反映出了勇敢的品质会得到奇异世界的尊重。
