太平军作战图
目前史学界出现两种不同意见。一种意见断定林凤祥是北伐主帅。这是因为北伐军在太平天国癸丑三年五月十六日从朱仙镇发回天京的战况“禀报”中排在第一位的是林凤祥，其后是李开芳、吉文元、朱锡锟。还有癸丑三年四月杨秀清给林等人的诰谕也与此相类似。另外，与林同时被俘的将领欧锦、陈亚末的供状中，也有“四月跟林凤祥……占住连镇，林凤祥令李开芳领人往攻高唐州”以及“是年四月，我跟林凤祥、李开芳、吉文元三个伪丞相，过黄河……”的话，这为证明林在李之前，林在李之上，北伐主帅非林莫属提供了有力证据。
与之相反的另一种意见认为北伐主帅应为李开芳，他们用以下事实作为依据：第一，李秀成在“天朝十误”头三条中指出：“一误国之首，东王令李开芳、林凤祥扫北败亡之大误；一误因李开芳、林凤祥扫北败后，调丞相曾立昌、陈仕保、许十八去救，到临清之败；一误因曾立昌等由临清败回，未能救李开芳、林凤祥，燕王秦日纲复带兵去救，兵到舒城杨家店败回。”这里李秀成三次肯定、毫不含糊地将李放在林之前。总理过天朝国政的洪仁玕在其自述中，亦把李列于林之前。
壬戌十二年底，太平天国将这些战死的北伐诸将作为开国功臣，追封为王。太平天国制度规定，在封爵前面必须“冠以衔系”，李开芳的全衔是“殿前春季电察天军顶天扶朝纲请王合千岁”，林凤祥的全衔是“殿前春季电察天军顶天扶朝纲求王协千岁”，从其官职排列的次序来看，李排在了林的前面，当为北伐主帅。