雍正年间，天鹰帮敛巨资广纳武林人士，南少林也被吸纳其中雍正决定派三阿哥弘时和四阿哥弘历查办天鹰帮一事。弘时和弘历为取悦龙颜，便使出浑身解数查办天鹰帮与南少林。在此过程中，心狠手辣的弘时视弘历为眼中钉，多次派人暗下毒手。侠肝义胆的南少林俗家弟子方世玉出手相助，帮弘历逃过一次次劫难和迫害，二人遂结为好友。弘时在泉州暗中网罗闽浙总督张信德与其手下，南少林的玄通方丈被其所迫害致死。弘历因有方世玉、洪熙官、侠盗赵大宏、江湖老千卓灵仗义相助，发现方世玉之父方德只是天地会手中的一颗棋子。方世玉为救其父，冒着九死一生的危险杀出南少林之木人巷，从法场劫走方德。弘历被方世玉与方德之间真挚的父子之情而打动，允许方德隐居荒岛，从此远离世事。弘历也得知他的心上人李梦麟就是天鹰帮的“特使”
《南少林三十六房》画面造出了完美的视觉效果，色彩极富美感，该剧泪点满满，情节揪心。独树一帜的奇幻风格、颇具特色的叙事手法、逼真写实的大片级视效，都是该片的看点。《南少林三十六房》既有关于爱的所有探索与思考，又有耐人寻味且值得省思的人生哲理，这是一部整体氛围恰到好处的电视剧。
