巨大不明生物“祸威兽”不断地出现，已经成为日本习以为常的现象。这种生物通常兵器无力对抗，即将迎来极限的日本政府聚集了“祸威兽”专家，成立了“祸威兽特设对策室”通称“祸特对”。班长-田村君男（西岛秀俊）、作战立案担当官-神永新二（斋藤工）、非粒子物理学者-滝明久（有冈大贵）、泛用生物学者-船缘由美（早见明理）被选拔进入“祸特对”，执行任务。突然从大气外飞来的银色的巨人使危机加剧。为了处理银色巨人的问题，祸特对又新配置了分析官-浅见弘子（长泽雅美）和神永携手处理。在浅见的报告书上这样写着——奥特曼（暂称），茫无头绪。
《新·奥特曼》是部有着特色个性美的动画片，观众可从中观察到弱肉强食的社会也可看到独立成长的重要性。《新·奥特曼》完美的诠释了一个美丽的童话，也是一个现实的童话，营造一个光怪陆离的世界，这部动画是导演最出色的佳作。故事简单而深刻，传递着最为真挚的情感，《新·奥特曼》有着对爱的探讨，爱作为一种情感，本身很难有一个精确的定义，主角从一开始的冷漠、自私、怯懦，逐渐变成了一个懂爱的女孩，她忍耐、恩慈、包容，这些都是爱所包含的元素。侧面反映出了善良总是能压倒一切，只要付出，善良的人总会获得回报。
