故事发生以明朝正德年间，陕西省宝鸡府凤翔县世袭指挥秦昆鹏的母亲给孙玉凤送去一只玉镯，孙玉凤回赠一幅荷花图，两家定亲。尤彩凤的舅父母褚生和贾氏夜宿尤家，双双被害，贾氏人头也不知去向。尚朝奉夜拾包袱，见是女人头颅，丢入朱砂井中。他害怕伙计孙玉秀报官，将他推入井中害死。第二天到县衙告状，谎说孙玉秀偷银窃物后逃走。县令钱树于受书吏任义操纵，判孙玉秀的父亲孙国安赔偿，孙国安不服，被押进监牢。孙玉凤父亲被押，上堂辩理，钱树青说她无理取闹，将她押在狱中。 女牢中，龙彩凤细说原委，秦昆鹏的未婚妻孙玉凤见此案有冤，决心去府衙伸诉。知府宁信到县复审，任义买通府衙女仵作水蜜桃，诬险尤彩凤失节，宁信误信，错判尤彩凤、秦昆鹏通奸杀人罪名成立。孙玉凤不服，到省上告。按察院陈思三复审，女仵兰彩华巧妙地破坏了尤彩凤的尿样，又误验尤彩凤为孕妇，使尤彩凤、秦昆鹏奇冤难雪。发审官杜重仁见此案不实，便乔装私访，弄清了真相，并从朱砂井中捞出贾氏人头与孙玉秀尸身，将尚朝奉、胡媒婆、胡大楞缉拿归案。

《双凤奇案》的剧情拿捏十分得当，台词有腔调，剧中的画面古朴雅致，制作流畅，演员的演技让人亮眼，该剧主创有情怀，人物有灵魂，制作有品相，打破了一般年代剧的舒适感，在大时代背景下给了小人物信仰成长的空间。